Nelly Mukazayire được sinh ra ở Rwanda vào khoảng năm 1982.[3] Lúc còn nhỏ, cô theo học các tiểu học và trung học ở các trường địa phương. Cô học Cử nhân Khoa học về Kinh tế Quốc tế tại Đại học Rwanda.[2]

Cô cũng có bằng Thạc sĩ Nghệ thuật về Quản lý Chính sách Kinh tế từ Đại học Makerere, ở nước láng giềng Uganda.[2] Một nguồn đáng tin cậy khác nói rằng bằng thạc sĩ của cô đã được trao bởi một trường đại học ở Hoa Kỳ.[4]